
Το Βυζάντιο (330-1429μ. Χ) ήταν η επόμενη φάση της Ρωμαϊκής ιστορίας που διαμορφώθηκε κάτω από την κυρίαρχη επιρροή του θρησκευτικού δόγματος του Χριστιανισμού, της Ελληνικής γλώσσας με το αρχαίο ελληνικό πολιτισμό να παίζει μεγάλο ρόλο. Η Κρήτη βρέθηκε υπό βυζαντινή εξουσία από το 330, όταν πρωτεύουσα του Ρωμαϊκής αυτοκρατορίας έγινε η Κωνσταντινούπολη, με διαλείμματα, μέχρι το 1204, οπότε έγινε η κατάληψη της πόλης από τους Φράγκους και η Κρήτη πουλήθηκε στους Ενετούς.
Οι Κρητικοί έχοντας ασπαστεί το Χριστιανισμό, και παρά τους πολλούς κατακτητές με διαφορετική θρησκεία, κράτησαν την πίστη τους και την εξέφραζαν με την τέχνη τους στις εκκλησίες τους και τα παρεκκλήσια τους στη βυζαντινή και μεταβυζαντινή περίοδο. Η αρχιτεκτονική, οι τοιχογραφίες, οι φορητές εικόνες είναι κρυμμένοι θησαυροί, που πολλές φορές βρίσκονται μέσα σε εύθραυστα ερείπια. Η έκρηξη αυτής της τέχνης έγινε το 14ο και 15ο αιώνα με τους κρητικούς να αναπτύσσουν το δικό τους στυλ στις εικόνες και στις τοιχογραφίες, με έντονα περιγράμματα, σκούρο χρώμα στη σάρκα, το έντονο χρώμα στα ρούχα, τις λεπτές, αυστηρές μορφές με τις συγκρατημένες κινήσεις.
Υπάρχουν πάνω από 1000 τοιχογραφημένες βυζαντινές εκκλησίες στην Κρήτη, από αυτές 249 στο νομό Χανίων, 130 από τις οποίες στην επαρχία Σελίνου. Η Κάντανος, το πλουσιότερο χωριό της περιοχής θεωρείται ένα βυζαντινό μουσείο λόγω των πολλών και πλούσιων, σε διάκοσμο, τοιχογραφίες και εικόνες, εκκλησιών στην περιοχή και αξίζει προστασία ως ιστορική και πολιτισμική κιβωτός.
Ο μικρός ναός της Αγίας Άννας στο Ανισαράκι είναι μια πολύ σημαντική βυζαντινή εκκλησία μόλις 20τ.μ με κτιστό γραπτό τέμπλο, με την προσωπογραφία των 9 δωρητών της και την σπάνια εικόνα της Αγίας Άννας να θηλάζει την Παναγία.
Ο μικρός ναός του Αγίου Γεωργίου στα Λαμπιριανά χτίστηκε το 14ο αιώνα και οι τοιχογραφίες του από τον 15ο αιώνα βρίσκονται, μάλλον σε σχετικά κακή κατάσταση. Ο Άγιος Παντελεήμωνας, ο Ευαγγελισμός της Θεοτόκου και η Παναγία Βρεφοκρατούσα διακρίνονται.
Στα Καβαλαριανά, ο ναός του Μιχαήλ Αρχαγγέλου ή Αστράτηγου βρίσκεται σε μια πανέμορφη και καταπράσινη τοποθεσία. Εξωτερικά ο ναός είναι πολύ λιτός, όμως εντυπωσιάζει, εσωτερικά, με τις πλούσιες τοιχογραφίες του. Η αγιογράφηση του ναού έγινε το 1327-1328 από τον πιο γνωστό αγιογράφο της εποχής στην περιοχή, τον Ιωάννη Παγωμένο. Η εικόνα του Παντοκράτορα Χριστού είναι πολύ εντυπωσιακή και αποτελεί πραγματικό έργο τέχνης.
Στο χωριό Τραχινιάκος υπάρχουν τρεις μικρές τοιχογραφημένες εκκλησίες που προδίδουν τη σπουδαία θρησκευτική παράδοση της περιοχής. Στο ναό του Αγίου Ιωάννη, οι τοιχογραφίες διατηρούνται σε καλή κατάσταση. Η τοιχογραφήση του Ναού έγινε το 1328-1329. Σπουδαίες αγιογραφίες είναι οι σκηνές του Ευαγγελικού Κύκλου, στην καμάρα, και διάφοροι όρθιοι και έφιπποι άγιοι στα χαμηλά, ανάμεσα τους και η αγιογραφία με τον Άγιο Ιωάννη τον Ξένο ή Ερημίτη. Η τοποθεσία του ναού είναι εντυπωσιακή, δίπλα στο ποτάμι με πλατάνια και ελαιώνες. Η τοιχογραφίες, του 14ου αιώνα, του Ναού της Αγίας Παρασκευής δεν βρίσκονται σε τόσο καλή κατάσταση. Στον Ναό του Προφήτη Ηλία, ξεχωρίζουν οι τοιχογραφίες με τον Προφήτη Ηλία, την Παναγία, τον Ιησού, τον Αρχάγγελο Μιχαήλ, τον Άγιο Παντελεήμονα , την Αγία Παρασκευή κ.α.