L'osservatorio di Skinakas si trova nel centro di Creta, sul monte Idi (Psiloritis) ad un'altitudine di 1750 metri. Si trova a 50 km da Heraklion e 20 km da Anogeia. La sua posizione è ideale, è stata costruita su un ampio altopiano del picco Skinakas. Sul lato nord-nordovest dell'orizzonte non ci sono montagne più alte, quindi il flusso del vento è molto regolare, senza turbolenze (i venti a Creta sono principalmente nord-nordovest) e c'è visibilità verso Heraklion.
Nel 1984, l'Università di Creta, la Fondazione per la tecnologia e la ricerca e l'Istituto Max Planch per la fisica extraterrestre della Germania unirono le forze per installare e gestire congiuntamente un telescopio per formare gli studenti in astronomia e indagare su oggetti celesti come comete e nebulose gassose. L'imminente arrivo della cometa di Halley nella primavera del 1986 stabilì il periodo di tempo per l'installazione del telescopio.
La riuscita installazione del primo piccolo telescopio del diametro di 0,3 nel 1986 ha confermato le eccellenti condizioni offerte dalla vetta dello Skinakas. Il secondo telescopio da 1,3 metri di diametro è stato installato nel 1995 ed è un grande collettore di luce costruito con standard elevati per un'eccellente fotografia e studio di galassie, ammassi stellari e nebulose gassose. Nel 2006, un terzo telescopio, chiamato Ganimede, con un diametro dello specchio di 0,6 m. è stato installato su Skinakas. Funziona con telecomando e ha un ampio campo visivo.
L'Osservatorio offre condizioni eccellenti per misurazioni astronomiche di alta qualità nella regione del Mediterraneo. Vengono studiati settori dell'astrofisica, come l'astrogenesi, le galassie, le binarie che emettono raggi X, i nuclei galattici attivi, i raggi cosmici ad altissima energia, i sistemi planetari in altre stelle, oggetti compatti, fenomeni astrofisici transitori, ecc. 280 pubblicazioni su riviste di ricerca entro la fine del 2023, tesi di dottorato e di master hanno utilizzato dati provenienti dalle osservazioni dell'osservatorio di Skinakas.
L'Osservatorio offre giornate pubbliche nei suoi locali per 5 giorni ogni estate. I visitatori possono conoscere il funzionamento dell'Osservatorio, conoscere le ultime novità e i risultati ottenuti in astrofisica e osservare lo spazio attraverso il telescopio da 1,3 metri se le condizioni lo consentono. I visitatori devono essere vestiti in modo appropriato perché il clima è freddo a causa dell'altitudine. L'Osservatorio è una struttura di ricerca e non c'è abbastanza spazio per i visitatori, quindi potrebbero verificarsi ritardi nei giorni di punta. I giorni pubblici ogni estate coincidono con la luna piena e le date sono pubblicate sul sito web dell'Osservatorio.
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