L'observatoire de Skinakas est situé au centre de la Crète, sur le mont Idi (Psiloritis) à 1750 mètres d'altitude. Il se trouve à 50 km d'Héraklion et à 20 km d'Anogeia. Son emplacement est idéal, il a été construit sur un grand plateau du pic Skinakas. Du côté nord-nord-ouest de l'horizon, il n'y a pas de montagne plus haute, donc le vent est très doux, sans turbulence (les vents en Crète sont principalement du nord-nord-ouest) et il y a une visibilité vers Héraklion.
En 1984, l'Université de Crète, la Fondation pour la technologie et la recherche et l'Institut Max Planch de physique extraterrestre d'Allemagne ont uni leurs forces pour installer et exploiter conjointement un télescope afin de former les étudiants à l'astronomie et d'étudier les objets célestes tels que les comètes et les nébuleuses gazeuses. L'arrivée imminente de la comète de Halley au printemps 1986 a fixé le calendrier d'installation du télescope.
L'installation réussie du premier petit télescope d'un diamètre de 0,3 en 1986 a confirmé les excellentes conditions offertes par le sommet du Skinakas. Le deuxième télescope de 1,3 m de diamètre a été installé en 1995. Il s'agit d'un grand collecteur de lumière construit selon des normes élevées pour une excellente photographie et étude des galaxies, des amas d'étoiles et des nébuleuses gazeuses. En 2006, un troisième télescope, nommé Ganymède, avec un diamètre de miroir de 0,6 m. a été installé sur Skinakas. Il fonctionne avec télécommande et dispose d'un large champ de vision.
L'Observatoire offre d'excellentes conditions pour des mesures astronomiques de haute qualité dans la région méditerranéenne. Des domaines de l'astrophysique, tels que l'astrogenèse, les galaxies, les binaires émetteurs de rayons X, les noyaux galactiques actifs, les rayons cosmiques à ultra haute énergie, les systèmes planétaires dans d'autres étoiles, les objets compacts, les phénomènes astrophysiques transitoires, etc. 280 publications dans des revues de recherche d'ici fin 2023, des mémoires de doctorat et de master ont exploité les données issues des observations de l'observatoire Skinakas.
L'Observatoire propose des journées publiques dans ses locaux pendant 5 jours chaque été. Les visiteurs peuvent en apprendre davantage sur le fonctionnement de l'Observatoire, se renseigner sur les dernières nouvelles et réalisations en astrophysique et observer l'espace à travers le télescope de 1,3 m si les conditions le permettent. Les visiteurs doivent être habillés convenablement car le temps est froid en raison de l'altitude. L'Observatoire est un centre de recherche et il n'y a pas assez d'espace pour les visiteurs, ce qui peut entraîner des retards lors des journées chargées. Chaque été, les journées publiques coïncident avec la pleine lune et les dates sont publiées sur le site Internet de l'Observatoire.
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